专注临床高通量测序,华点云试图打造生物信息云的 App Store

作者:周梦亚 2016-11-10 08:00

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随着二代基因检测技术也就是高通量测序技术(NGS)的逐渐普及,不仅使得测序效率大幅度提高(10万倍的提升),而且测序费用也大幅降低。这个市场规模庞大,根据Markets&Markets的报告显示,2014年二代基因测序的全球市场达到25亿美元,预计2020年将达到87亿美元,复合增长率达23%。测序技术的发展,使得所产生的DNA数据急剧增加,给科技和医疗带来了巨大突破。但与此同时,这些海量数据分析、存储、压缩的问题也越来越普遍。


华点云是一家专注于建立面向临床、面向高通量测序解决方案的生物科技公司。公司自主研发的CelLoud平台是服务于高通量测序技术(NGS)数据,集合生物信息分析工具和资源的生物信息分析云平台。平台以解决临床医生的急切需求为契机进行设计和开发,上传数据,自动运营,简化操作,可在极短时间内获得专业、清晰、符合临床使用习惯的可定制化报告。


华点云产品及运营合伙人陈杰表示,CelLoud平台在2012年上线运营,中间不断积累经验并沉淀先进技术,2013年正式以公司形式成立并上线运营。CelLoud为临床提供优质的生物信息应用产品,为合作伙伴提供实现基于NGS技术与生物信息技术的全套应用解决方案,是国内比较早的自主研发并应用于临床的生物信息云平台。


搭建生物信息云平台,帮助基因技术落地


新兴技术的发展过程中,势必会出现一些误解。生物信息云平台也不例外:


生物信息应用开发方面,生物信息人员定义的局限性:


1. 生物信息人员就是写程序的;


2. 生物信息就是跑流程;


3. 生物信息就是研究高级算法。


人们生物信息云平台的接受上,也存在一些分歧:


1.  云平台不安全,要自己搭建自己的计算平台;


2. 云上的流程不好用;


3. 计算费用不合理。


目前,生物信息应用方面存在一下矛盾:


1. 临床上需要有新的、好的应用;


2. 应用的好坏全凭业内人根据经验评判,而没有一个统一的评判标准;


3. 用户希望有一个大而全的流程定制平台,想要什么就可以自己设计什么。


陈杰表示:华点云一直以来都非常重视研发力量,核心研发团队聚集了数十名跨学科人员,跨界涵盖了生物学、分子生物学、计算机技术、系统集成、网络技术、大数据分析、生物信息技术、公共卫生、统计学和临床学领域,形成了一条从临床到云平台、云计算的人才“技术链”。


要实现基因技术的落地,实现数据的临床价值,首先要解决的就是如何实现科研与临床的链接,也就是如何将基础研究成果、科研成果应用于临床上。基于此,华点云希望通过一个专注、高效、开放的云平台,搭建起科研技术与临床应用之间的桥梁,从而帮助科研成果向临床应用的快速转化,造福广大患者。


“互联网+”,数据分析更快捷


要实现对基因大数据的高效、安全的处理,给它添加个“互联网”的翅膀是必不可少的。


通过“互联网+”,将测序后得到的基因数据的的分析与应用,封装成一个APP,并部署在生物信息分析专属的云端,从而构建出一套解决大样本、大数据、大运算的全自动解决方案。最终形成医生最容易接受、最容易使用的定制化可视报告的形式落地于医院。在此过程中,除了需要生物信息技术,还需要云技术的支持来提升计算性能,并通过数据的运算、存储与管理,优化信息流程,保障信息的可靠性和安全性。这也是华点云目前正在做的事情。


专注生物信息云,提供更有效服务


陈杰表示:华点云专注的是如何解决临床应用上的问题,如何将云计算服务做得更精、更标准、更容易使用。公司服务的不是最终用户,而是最终用户的服务端,主要包括:


a. 诊断试剂盒的生产企业(IVD);


b. 第三方医学检验所;


c. 具有自主测序能力的医院;


d. 高通量测序技术服务的公司。


生物信息云平台,云技术是基本技术。国外的谷歌、亚马逊、DNAnexus,国内的阿里云、华为云、百度云等等公司的公共云技术非常成熟,所以生物信息云没有必要再耗费大量的时间和精力去“打造”一个单独的基础IT云平台。相反,可以通过与第三方的云平台进行合作,来促进产业化的脚步。


同时,陈杰表示:目前CelLoud平台所有的核心生物信息技术均有公司自主研发,并且申请了专利。但公司仍在寻求技术优化,自研周期相对比较长,华点云希望吸收像生物信息数据压缩这样的国内外先进技术,直接在平台上加入一些科研成果的应用,向具体的商业化应用转化。


有没有人在用?有没有可用性?这才是核心

 

报告的生成依据并不完全取决于平台,还聚焦于临床需求。陈杰还表示:“华点云强调的是实际应用场景,有没有人在用,有没有可用性。”要进入临床,首先需要更专业医生以及具体检验科室的实验人员沟通,才能确保报告的实际应用场景。


基因对疾病风险的关联,还在不断的认识过程中,所以一份基因检测报告是一个动态变化的过程,随着解读加深,基因检测的报告需要被不断被丰富化。但是,在我国具有专业解读报告的遗传咨询师非常稀缺。很多人都知道管理咨询、心理咨询、法律咨询,但是遗传咨询呢?相信很多人都没有听说过。


医院或医学实验室将基因检测数据上传到CelLoud云平台,CelLoud根据特定应用的算法对数据进行分析和解读后,反馈给医院或医学实验室实用、可靠、易懂的临床报告。医生可参考报告内容进行疾病评估和治疗方案的制定。


陈杰表示,一份好的临床报告,不是说它多么的权威,而是它是可用的、可靠的,能够帮助医生对疾病做出判断。


下一步,华点云希望与更多的服务于临床的科研院所和企业进行合作,共同提高服务于临床的能力。同时,公司还希望通过生物技术的云平台,与合作伙伴共建联盟,提升云平台在医疗行业的影响力,最终呈现一个类似App Store的模式,帮助解决临床问题。


基因检测在未来将会有更多的应用场景,华点云作为基因检测的生物信息云平台,怀着“让基因解读更容易”的愿景,有着更大的想象空间。

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