人类基因组计划后,华大基因又发起了一项更宏伟的项目

作者:周梦亚 2017-03-05 15:00

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刚宣布将测序仪交由“代工巨头”富士康生产,华大启动“地球生物基因组计划”的消息又吸引了全世界的关注。继人类基因组计划之后,生命科学领域又将迎来一件大事——华大基因与美国斯密森尼生物多样性基因组学项目组联合发起了“地球生物基因组计划”,比人类基因组计划更宏大的地球生物基因组计划(Earth BioGenome Project, EBP)即将启动,目标是破译地球上所有生命的基因组。

 

在美国斯密森尼生物多样性基因组学项目组与中国华大基因公司近日联合主办的生物基因组学会议(BioGenomics2017)闭幕论坛上,加州大学戴维斯分校基因组学家哈瑞斯·莱文等人和华大基因生物学家张国捷等组成的科研团队联合倡议,全球科学家合作开启另一项与人类基因组计划(HGP)类似的项目——地球生物基因组计划(EBP),对地球上所有真核生物进行测序。这一具有历史意义的项目吸引了全球科学家的关注。

 

EBP项目组成员由多国科学家组成,作为该项目的发起单位之一,华大基因理事长杨焕明院士与华大基因张国捷参与其中。华大基因关注生物多样性研究,通过基因科技已解码众多地球物种,发起国际合作深入科学研究,该项目组中其他工作人员也均与华大基因有过深入合作。

 

据《科学》杂志报道,EBP计划大约两年前第一次提出,将着重对包括所有植物、动物和单细胞生物在内的真核生物群体进行测序。人类基因组计划耗时13年,花费约30亿美元完成人类基因组测序,而该项目得益于测序技术的进步和成本的下降,初步预计完成整个项目大约需要40亿美元投入,但该项目目前尚未获得资金支持。项目组的科学家们表示,如果获得这样的资金支持,该计划有望在10年内完成。

 

现有EBP框架大约分三步完成:首先集中完成约9330个真核生物科级别代表性物种(eukaryotic family)的基因组,从而获得与人类参考基因组相当或比人类参考基因组更好的参考基因组。接着,在14万~20万个真核生物属(eukaryotic genera)中,对来自每个属的一个物种进行基因组草图绘制。最后,对剩下的150万个已知的真核生物物种(eukaryotic species)的基因组进行低覆盖测序。这些精细度不同的基因组之间还能通过比较分析或进一步测序,帮助人们获知更多的信息。

 

EBP已经取得良好开端,好几个测序项目已经启动,包括为1万种脊椎动物进行基因组测序的基因组10K项目、破译5000种节肢动物基因组的i5K项目、为1万多种禽类物种测序基因组的B10K项目等。“我们就是要把EBP打造成‘战斗机中的战斗机’。”项目倡议人Levin表示。

 

EBP工作组成员表示,EBP计划的意义重大。这是第一个真正的全球大型基因组测序项目,能让世界上数千名科学家和数百万民众参与,所产出的超大数据超过1EB(相当于1亿部高清电影,播放2.3万年),将推动全新计算算法、分析方法和模型的创立,革新人们对生物学的理解,有望极大改善物种保护工作,并为农业、医药和生态系统服务创造新的基因资源。

 

同时,他们也表示目前EBP项目仍面临重大挑战:一是因生物多样性问题,只有更多发展中国家参与并开展更加国际化的合作,该项目才能最终成型;二是制定高质量测序和保存有机体样本的标准,其中因现有博物馆动植物样品的保存方式不符合要求,或需要大量的野外采集样品,这可能耗费很大成本。

 

但基于目前技术的升级和成本下降,研究者们非常有信心完成该项目。人类基因组计划之后,个人全基因组测序成本不断降低,由最初的30亿美元下降到现在的800美元,甚至可能更低。作为全球最大的基因组学研发中心,华大基因已于2015-2016年相继推出了多款自主研发的测序系统,目前已具备量产测序仪的实力,也将运用这一优势,助力EBP项目的实施。

 

EBP项目的提出,有助于整合世界各地的地球生物基因组研究,使之形成更有价值的科研体系,促进物种研究工作有序而高效地进行,帮助人们全面了解地球生命演化的奥秘,推动物种保护工作的开展。


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