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前美国Life Tech生物信息资深应用专家徐昭加盟志诺维思,将推动公司面向肿瘤精准诊断云产品体系的全面工程化

王晓行 2018-06-28 08:00
作为一家掌握多模态人工智能技术的精准医学大数据公司,志诺维思具备独有的生物信息、自然语言处理和图像分析算法,致力于打造面向肿瘤精准医学大数据分析的综合型云体系,公司位于中关村核心区,目前是国家高新技术企业。该体系目前包括两套解决方案:针对基因检测和研究的“智能基因云”——iGenome®Cloud,以及针对病理研究和数据管理的“智能表型云”——iPhenomeTMCloud。


近日,动脉网了解到,赛默飞生物信息资深应用专家——徐昭博士加盟志诺维思,担任公司CTO。入职后,徐昭博士将统筹公司的技术开发工作,具体包括夯实云产品架构,全面提升产品工程化程度和开发迭代效率。

 

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徐昭博士

 

徐昭博士:天津大学生物医学工程学士,复旦大学生物信息学博士。


2001年入职北京华大基因研究中心,后任软件组组长,负责设计算法并工程化实现程序进行大规模数据分析。2004年师从郝柏林院士从事生物信息学方向的研究。在Science, Nature Reviews Genetics, PLoS Biology 和 Nucleic Acids Research等期刊上发表过多篇文章。


2009年加入Life Tech北京分公司生物信息学团队,负责二代测序仪后台应用软件开发、支持客户进行基于二代测序短片段的生物信息学分析应用。


2013年在Life Tech公司(同年被赛默飞Thermo Fisher并购)美国总部担任资深应用专家,主要解决美国医疗机构客户运用高通量测序仪在医学检测中的各种数据分析难题。


从就职于Life Tech公司开始,徐昭博士开发了一系列算法和软件,涉及微生物从头拼接、微生物元基因组分析、胚胎植入前遗传学筛查、低频肿瘤突变探测和注释等领域。除了生物信息应用软件的开发,徐昭作为资深的全栈生物信息工程师,领导团队帮助客户搭建服务于二代测序的计算和存储集群系统。他在生物信息应用程序开发、集群高性能并行存储搭建、作业调度系统、程序并行优化设计、云系统中间件方面都具有极强的产品级工程开发和技术管理经验。


 

动脉网Q1:您作为Life Tech美国资深生物信息学家为什么要加入一家国内初创公司?


徐昭博士:加入志诺维思,是基于对公司在肿瘤基因组研究和生物信息技术上的认可,以及对其产品和服务对整个肿瘤医疗产业的价值判断。当然,创始团队对公司方向的布局和独特的产业化视野,也使得我对于加入新公司充满信心和期待。

 

动脉网Q2:据我了解,志诺维思是一家运用AI技术做肿瘤基因组+病理大数据的公司,具有构建AI算法和提供肿瘤精准医学综合信息解决方案的能力。您在美国工作这么多年,您觉得有没有一家在美国或全球可以对标的公司呢?


徐昭博士:“肿瘤”诊疗是世界级的难题,其实本身就需要对于肿瘤“内在”和“外在”两类特征进行整合分析才能真正开发出“精准”的AI诊断算法和决策支撑体系,这两类特征就是我们经常说的“基因型(Genotype)”和“表型(Phenotype)”。而这两类特征包含属于不同维度的多模态数据:比如刻画肿瘤基因型的基于二代测序的基因组数据、及刻画肿瘤表型的病理图像、病理文本和CT/MRI影像数据等。


就美国和欧洲市场来说,我尚未看到一家可以完全对标的公司。例如,在美国有专注于肿瘤数据细分领域的高科技公司。这类型公司通常只聚焦处理“基因型”或“表型”中的一类数据,如专注于肿瘤基因检测和生物标记物发现的Foundation Medicine、专注于肿瘤临床病历和疗效数据收集公司Flatiron,以及企业级生物信息软件和内部云系统开发公司Bina Technology。我想,罗氏先后收购这三家公司可能也是考虑到不同数据之间互相补充的价值,也就是精准医学在推进过程融合基因组和表型组的信息。

 

动脉网Q3:基于志诺维思的独特布局和核心优势,公司的云产品体系怎样向肿瘤精准医学产业输出价值?


徐昭博士:公司目前的产品主要是面向于肿瘤基因型和表型数据分析的综合云体系,包括服务于肿瘤第三方NGS检验机构的“智能基因云”——iGenome®Cloud和服务于医疗机构的“智能表型云”——iPhenome™Cloud。


正如之前所说,解决肿瘤精准诊疗需针对“基因型”和“表型”的两方面的数据来开发基于AI的信息解决方案。目前,“智能基因云”能实时提供从肿瘤全外显子原始数据质控到体细胞突变精准探测,再到生成肿瘤用药检测报告的全套数据流。检测报告里甚至包括了最新获批的肿瘤免疫治疗药物Opdivo。


“智能表型云”则能提供肿瘤病理报告和图像管理和浏览、智能搜索、基于AI的病理图像免疫组化定量分析等功能,对于提升病理科科研和诊断水平具有重要的作用。我们相信,基因和病理两端相互配合的云解决方案,能在确保检测数据和报告质量的前提下,根本性地提升NGS检测在医院病理科的渗透率和肿瘤诊断水平,我想这应该是志诺维思的产品对肿瘤精准医学产业输出的真正价值。

 

动脉网Q4:最后一个问题:您觉得您加入志诺维思成为CTO之后将给公司带来怎样的帮助?

 

徐昭博士:我觉得主要有三个方面:第一,我在软件产品开发和用户体验方面的经验能够帮助公司把云体系的功能模块变得更丰富更完善;第二,我在系统架构、并行文件系统、作业调度系统和云计算中间件上的工程化经验能帮助提升云体系的稳定性、可扩展性和实际运行效能;第三,我在Life Tech实际管理技术团队的经验能有效规范目前公司内多元化团队的工程化开发流程,能本质上提升产品迭代效率并降低后期维护的成本。 从2018年3月我全职加入志诺维思以来,每天都跟技术团队成员一起战斗,充分感受到了大家为了目标拼搏努力的奋斗精神,这种工作节奏是大公司完全没有的。我对我目前从事的事业感到兴奋,并为能成为这样团队的一员感到骄傲!


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